EXCELについて質問です。

マクロの入っているエクセルを実行したところ以下のエラーメッセージが出てきました。

読み取れなかった内容を修復または削除することにより、ファイルを開くことが出来ました。

このブックにある、VBA プロジェクト, ActiveX コントロール, およびその他のプログラミング関連の機能は失われています。

というエラーメッセージです。

その後、

「Excelのオプション」⇒」セキュリティーセンター」⇒「セキュリティセンターの設定」

の処理を試みてエクセルファイルを開こうとしたのですが、

このブックには更新できないリンクが１つ以上含まれています。

・リンク元を変更するか、再度値の更新を試す場合は、〔リンクの編集〕をクリックしてください。
・リンクをそのままにするには、〔継続〕をクリックしてください。

というエラーメッセージが出てきて、同じく

読み取れなかった内容を修復または削除することにより、ファイルを開くことが出来ました。

このブックにある、VBA プロジェクト, ActiveX コントロール, およびその他のプログラミング関連の機能は失われています。

のエラーが出てきます。

マクロが無効にされる状況になっているのでしょうか？

EXCEL ファイルの問題と、マクロの問題は切り離して考えたほうがよいかと思います。

まず、新規ファイルでEXCEL を作成しシートで簡単なメッセージを表示するコードを作成して、
実行したら動作しますか？
これが動いたら次に、ファイルをいったん保存して、終了、再度読み込み後に、実行してどうなりますか。

これでマクロが動くようであれば、コメントで書かれたのはEXCEL 単体の問題です。
ファイルをコピーしたり、他ファイルを参照したリンクがある場合、よく見かけるエラーのようですが、
リンクを個別に確認していく必要があります。
場合によっては、再度設定しなおしたほうが早いでしょう。

エラーが出たときに、混乱せず原因を切り分けていくようにしてはどうでしょうか。

回答との重複になりますが、基本的なセキュリティ設定は完了しているでしょうか。
http://office.microsoft.com/ja-jp/excel/HP100141141041.aspx
にあります、「マクロのセキュリティ レベル」はどれに選択されていますか。

>セキュリティも下げました。
とありますが、このような質問の際には具体的な設定値を提示したほうがよいと思います。

簡単なマクロも作成できない状況になっています。

開発のタブのマクロのところは

相対参照で記録

マクロのセキュリティ

のみ扱える状況です。

マクロのセキュリティはすべてのマクロを有効にするになっております。

エクセル側でマクロを使えないように設定されてあるように考えてしまうのですが、このようなことは起こるのでしょうか？

Vista、Office とセキュリティは厳しくなってきていますが、実行できない
わけではないので、根気よくワンステップずつクリアしていくしかないです。

つまずいているのは些細な点だと思いますので、一度設定さえできてしまえば
以前のようにマクロが使用できるはずです（でなければ、普及しませんから）。

>簡単なマクロも作成できない状況になっています。
というのは、VBEも開かないということですか？
もし開くなら、新規ブックで標準モジュールを挿入し、
Sub Test()
MsgBox "TEST"
End Sub
とだけ書いて、実行してもダメですか？

繰り返しですが、まずは WEB にあるセキュリティ設定を一つずつ（読み飛ばさないで）
再確認し、問題ないかを検証してみてください。

ちなみにご使用のOSは XP ですか？ VISTA ですか？
状況を報告いただく際は、「できない」というだけでなく、どこまでできて、どのように
できないか。解決の情報を少しでも盛り込むようにしていただくと、解決が早いかと
思います。

まず、２番目のリンクに書かれている、「マクロが無効になっている」セキュリティ警告は
表示されていますか？いませんか？

Mook さん

いつもご回答ありがとうございます。

幾度か設定したのですが無理でした。

現在マクロが利用できるパソコンに一度移して作業を行っております。

時間がある際に原因追求をしていきたいと思います。

ありがとうございました。

せっかく移行を計画されたのに、実現できなくて残念ですね。
（原因は些細なことだと思いますが・・・。）

古いソフトは早晩サポートから外れますし、2007には2003までにはない革新的な
機能が多くあるので、機会を見て挑戦されるとよいかと思います。