１人がモバイルSuicaを利用していて、もう１人は利用していないのですが、

http://www.jreast.co.jp/mobilesuica/faq/shinkansen/e-ticket.html...

Q.　1台の携帯電話機で複数人分の指定席の申し込みはできますか？

A.　1台の携帯電話機で購入できる「モバイルSuica特急券」は、

　　会員ご本人さま分のみです。モバイルSuica会員2名さま以上で

　　旅行される場合は、それぞれの携帯電話機でお買い求めください。

　　なお、座席は購入操作の際に、シートマップ機能から隣り合った

　　席などを選択することができます。

http://www.jreast.co.jp/mobilesuica/faq/shinkansen/e-ticket.html...

>Q 1台の携帯電話機で複数人分の指定席の申し込みはできますか？

>A 1台の携帯電話機で購入できる「モバイルSuica特急券」は、会員ご本人さま分のみです。モバイルSuica会員2名さま以上で旅行される場合は、それぞれの携帯電話機でお買い求めください。なお、座席は購入操作の際に、シートマップ機能から隣り合った席などを選択することができます。

とあります。

もう１名の利用していない方はみどりの窓口とかで切符を買う必要が出てくると思いますが、その際にモバイルsuicaで買った席を言えば隣の席は取ってくれると思います。ただ、もちろん、その席が空いている必要はあるので、窓口でその旨を言うとか、どちらかの予約をした直後にすぐもう一方の予約をするとかそういった必要はあるかと思います。

可能です。

あらかじめ2席並んで空席の席を指定してモバイルスイカ特急券を購入します。

次に、隣席の席番を指定してみどりの窓口で特急券を購入して下さい。

上記は逆の順序でも可能です。

ただし混雑時は隣席が埋まってしまう恐れがありますので、上記の手続きは時間を空けずに実行して下さい。

http://q.hatena.ne.jp/1235194119

モバイルSuica特急券を使って、という意味でしたら、残念ながらできません。

特急券・乗車券は一人一枚必要ですが、モバイルSuicaには同時に1つの特急券しか入れる（ダウンロードする）ことができません。たとえ2枚入れることができたとしても、自動改札を通ることができません。

また、えきねっとで二人分の座席を予約したとしても、減じて伝はモバイルSuicaで決済することができません。

http://www.jreast.co.jp/mobilesuica/faq/shinkansen/e-ticket.html...

1台の携帯電話機で複数人分の指定席の申し込みはできますか？

1台の携帯電話機で購入できる「モバイルSuica特急券」は、会員ご本人さま分のみです。モバイルSuica会員2名さま以上で旅行される場合は、それぞれの携帯電話機でお買い求めください。なお、座席は購入操作の際に、シートマップ機能から隣り合った席などを選択することができます。

と、あるので、緑の窓口で同時購入するしかないと思いますけど、

モバイルＳｕｉｃａじゃない方が緑の窓口で購入する際に、売り場の人に席を教えてもらって指定をする方法かと。

ただ、自由席買えば座席の指定は必要ないかと思うのですが。。。