CakePHPにて開発しております。

eclipse か VS.Phpにて開発環境を作成しようとしておりますが、
正しくブレイクポイントが設定出来ません。
（起動するとエラーになり、正しく動作してくれません）
CakePHPの実体部分
cake\app
cake\cake
cake\docs
cake\myapp
cake\vendors
をwebroot（apacheの管理するhtdocs以下）
に設定していないのが原因でしょうか？
セキュリティを考慮すると、実体部分はWEBにさらさない方が良いと思うのですが、
それでは開発環境で動作してくれないので困っております。
フレームワークにて開発するに当たり、開発環境はどのような設定にするとうまく動作するのか、
このあたりのトピックに詳しい方は、ぜひともお教え頂けますと有難いです。
（いろいろ本やＷＥＢで探しましたが、説明のある文献にまだめぐり合っておりません）
何卒宜しくお願い申しあげます。