cronからphpを起動させると、 file_put_contents が動作しません。

Webサーバ経由でPHPが起動された場合と、cronで起動された場合では、カレントディレクトリが異なります。

そのため、質問文中にあるように、

file_put_contents("test.txt","ok");

と、test.txtと相対パスで記述してあれば、対象となるファイルがことなります。

Webサーバ経由であれば、このスクリプトと同階層のtest.txtとなり、cronにより起動された場合は（確か）起動ユーザのホームになるはずです。

/var/www/html/test.phpというスクリプトに記述していたとすると、

Webサーバ経由では、/var/www/html/test.txtというファイルにokと出力されますが、

cron経由では、/root/test.txtというファイルにokと出力されるかと思います。

まずは、これを確認してみてください。

こうでない場合は、なんらかのエラーになっていると思われますので、ログなどを確認してみてください。

何かの参考になれば。