ruby の質問です。#3 は、3になってしまうのですが、これは、Ruby の仕様なのでしょうか？　避けるにはどうしたらいいのでしょう。

String - Rubyリファレンスマニュアル

t.split(/,/, -1).size

で 5 となります。これがお望みの結果かな？

質問からは結果をどうしたいか? が書いていないので想像で回答します。

両方共同じ数で分割したいのであればこれでどうでしょうか?

irb(main):016:0> "1,2,3,,".scan(/.?,/).map{|v|v.delete(",")}
=> ["1", "2", "3", ""]
irb(main):017:0> "1,2,3,4,".scan(/.?,/).map{|v|v.delete(",")}
=> ["1", "2", "3", "4"]

ダミー

http://www.hatena.ne.jp/

t=["a","b","c",""]

puts t.size #4

http://q.hatena.ne.jp/answer

>単純に、split したときに、空があったら、空の値を持つ配列をつくって欲しいだけなんですが。。。。

1番の回答者JULYさんの回答が正しいと思いますよ。

split([sep[, limit]])

（中略）

limit は以下のいずれかです。

* 省略 or 0: 配列末尾の空文字列は取り除かれる。

* limit > 0: 最大 limit 個のフィールドに分割する。

* limit < 0: 無限に大きい limit が指定されたかのように分割する。

例: limit の例

# limit 省略時は、0 を指定したのと同じ。配列末尾の空文字列は取り除かれる

p "a,b,c,,,".split(/,/) # => ["a", "b", "c"]

p "a,b,c,,,".split(/,/, 0) # => ["a", "b", "c"]

# limit が 最大のフィールド数に満たない場合は最後の要素に残りすべてが入る

p "a,b,c,,,".split(/,/, 3) # => ["a", "b", "c,,,"]

# limit が -1 や最大のフィールド数以上の場合は最大のフィールド数を指定したのと同じ

p "a,b,c,,,".split(/,/, 6) # => ["a", "b", "c", "", "", ""]

p "a,b,c,,,".split(/,/, -1) # => ["a", "b", "c", "", "", ""]

p "a,b,c,,,".split(/,/, 100) # => ["a", "b", "c", "", "", ""]

http://www.ruby-lang.org/ja/man/html/String.html