http://q.hatena.ne.jp/1248950509
質問から判ることは
・社内から誰でもFTP可能
・社内ＬＡＮからルーター経由でインターネット接続
・プロキシーサーバーは使っていないっぽい
その他にも問題点があれば挙げてみてください。
質問者自身がどれだけセキュリティ上の問題があるか理解されていないのが最大の問題の気がしますが、悪い人ではなさそうなので(無知なだけで)支援の質問を立てたいと思います。
他の方（ROMの方）の参考にもなると思いますので宜しくお願いいたします。
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けいの
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最近のAcobat製品では、印刷禁止や、ローカルへのデータ保管を禁止できるようになっています。
こういった機能を使うことで、サーバ上のデータをローカルのパソコンに複製することを禁止できます。