レイヤーのカラーは表現色が2bitで白黒となっているのですがカラーは使えないということでしょうか？
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確認は取れてないのでコメント欄にと思っていたのですが、
開いていないので本回答で失礼します。
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上記によれば、カラーにも対応していますので
（１）一番最初に行う原稿用紙の設定時
（２）新規レイヤー作成時
（３）既存のレイヤーのプロパティ
のいずれかで対処可能と思われます。お手数ですが、ご確認ください。
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