ゲノムのタイリングアレイを用いてChip -on-chipやDNAメチル化解析をしています。Nimblegenのアレイ解析ソフトでは,2色蛍光のそれぞれの蛍光強度値のログ値の比率から,どちらの蛍光が強いかを見る事ができます。このソフトで優位なピークを抽出するにはFDR(False diacovery rate)値を使います。例えばFDR<0.2のピークのみを抽出します。一般的な論文では2蛍光のScatter plotのグラフの中にP値<0.1やP<0.01を閾値にして優位なシグナルを抽出しています。

ある論文ではP値を使用しています。FDRで閾値を設定して抽出しても良いのでしょうか?その時のFDRの閾値はいくつが一般的でしょうか?P値なら0.1や0.01ですが,FDRではデフォルトでは0.2になっています。
Agilentの解析ソフトではP値とFDR値のどちらを採用しているのでしょうか?現時点で論文サーチが足らないのはご容赦ください。P値とFDRとの関係がわららのです。この関係が分かる情報のご提供を宜しくお願いします。

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  • 登録:2009/09/02 23:58:17
  • 終了:2009/09/10 00:00:02

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