JavascriptからHTMLコメントにアクセスする方法があれば教えてください。HTMLコメント内に記述されたSSIのパラメーターを拾いたいのです。

innerHTMLにはhtmlのソースがそのままは行っているので、それを適当にパースすれば取得できます。

var comments = document.body.innerHTML.match(/<!--.*?-->/g);
for(var i = 0; i < comments.length; i++) {
  alert(comments[i]);
}

ところで…、SSIはサーバ側で処理されてしまうので、ブラウザに届いたHTMLには SSI の記述は残らないと思うのですが、そこの所は理解した上での質問でしょうか？