ズバリ回答100pt+いるか差し上げます。

同じような質問がStackOverflowにありました。

http://stackoverflow.com/questions/386111/why-does-ipods-audio-n...

MediaPlayer.frameworkをインポートしてiPodライブラリにアクセスし、一時停止させているようです。

http://developer.apple.com/iphone/library/documentation/MediaPla...

フェードアウトの処理は、おそらく

float volume = [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume;

として最初のボリュームを覚えておいて、NSTimerなどのループを使って

float currentVolume = [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume;
if (currentVolume > 0.1) {
    [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = currentVolume - 0.1;
} else if (currentVolume != 0) {
    [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = 0;
}

を繰り返すことで音量を0にして、最終的には

[[MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer] pause];
[MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = volume;

として一時停止させます。

そして任意の音声を再生した後、

[MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = 0;
[[MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer] play];

として再生を始め、やはりNSTimerなどのループでフェードインさせていきます。

float currentVolume = [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume;
if (currentVolume < (volume - 0.1)) {
    [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = currentVolume + 0.1;
} else if (currentVolume != volume) {
    [MPMusicPlayerController iPodMusicPlayer].volume = volume;
}

僕自身このあたりの処理に詳しくないためあまり自信がありませんが、解決の一助となれば幸いです。