法人で不動産を購入した場合、建物は減価償却できるが、土地を減価償却することはできないということを聞きました。

税務の大原則は、取引は時価で行うことです。仮に時価取引でない場合には、安い値段で買ったとして受贈益が生じるか、高い値段で買ったとして時価との差額が損金にならない寄付金となるかです。

質問のケースでは、建物の評価額はゼロといってしまったら、土地について９００万円の受贈益が生じ、建物の帳簿価額はゼロで９００万円は寄付金となります。帳簿価額がゼロになるので、当然、減価償却費もゼロです。

建物の減価償却費をとるためには、

1. 建物の評価額が９００万であると立証できること
2. その建物を事業で使用すること

が必要です。建物の取引には消費税が生じることもお忘れなく。

土地には取引事例や公示価格、路線価などが公示されているため、利益操作のための操作はバレます。

>法人で不動産を購入した場合、建物は減価償却できるが、土地を減価償却することはできないということを聞きました。

その通りです。土地は資産となるので、減価償却できません。

>例えば、ある土地がだいたい市場では1000万で取引されていて、その上に建っている建物の評価額が０円であった場合、土地を１００万円、建物を９００万円で売ることは可能なのでしょうか？

売る方は、

建物の販売利益が900万円計上されますが、土地の売却損が900万円計上されるので、プラスマイナス０で、同じことになります。

しかし、購入した方は、土地の評価額で900万円の利益を得ますので、その分の税金を支払う必要が出てきます(贈与税になる可能性も高いです)。建物に関しては、減価償却をすることは出来ますが、建物ですので長期の償却になり一年間に償却できる額は低くなるので、土地で支払った税金分は取り戻せないと思います。

税金的には、1,000万円の土地を入手＋900万円の建物を入手した時と大体同じになると思います。

土地と建物の按分については、ある程度合理的な方法であれば、適当な金額に分けられます。

土地が100万であるか、建物が900万であるという、ある程度合理的な証拠があれば、税務上はほぼ可能だと思います。

ご質問の内容ですと、その金額は厳しいですが、建物はゼロに按分する必要はありません。

建物の減価償却も、もちろん可能です。

相手先とどういう価格で契約を締結するかとういうことですので、可能なことは可能ですが、相手先が事業者(法人)の場合価値のない建物を９００万円で購入したと経理処理して減価償却費を計上しても、税務当局から否認される可能性が大きいと考えます。