RNAのコドンについてお伺いします。開始コドンであるメチオニン(AUG)と、終止コドン(UAA, UAG, UGA)には、ともにアデニンとウラシルが含まれています。これはアデニンとウラシルが両方とも含まれていると(特にAUG, UAA, UAGのようにアデニンとウラシルが並んでいると)、符号としての強度が強いということでしょうか。たとえばアデニンとウラシルの水素結合がコドンの中で成立しているのでしょうか。

アデニンやウラシルは符号としての強度は弱くなります。

以下のサイトの結合を見ていただけば判ると思いますが、アデニン-ウラシルの水素結合は2つ，グアニン-シトシンの水素結合は３つですので、結合はグアニン-シトシンの方が強くなります。

http://www.keirinkan.com/kori/kori_chemistry/kori_chemistry_2_ka...

メチオニンが配列の中にあることもありますので、あくまでもシグナル配列との組み合わせを判断しているものと考えられています。

コドンの3文字目が何でもいいというアミノ酸は確かにかなりあります｡これは､コドンのゆらぎといい､変異に対応するためと言われています｡tRNAはコドンの最初の2文字を認識しているという話も聞いたことがあります｡

また､アルギニンは6種類のコドンがありますが､均等に使われているわけではなく､ヒトではAGGは19.8%､大腸菌では2.9%と生物種で大きく異なります｡これは､大腸菌でヒトのタンパク質を発言させるときに問題となることがあり､大腸菌にAGGに対応するtRNAを発現するプラスミドを入れたり､ヒトの遺伝子を大腸菌で発現されやすいように最適化するということが行われます｡

＞ コドンの3つのヌクレオチドの間では、どのように結合力が働くのでしょうか。

ということですが､私は遺伝子の研究をしていますが､3の倍数の欠損･挿入(フレームシフトが起きない)よりも､3の倍数ではない欠損･挿入(フレームシフトが起きる)のほうが遙かに多いです｡これは､コドン単位での結合はないといえるのではないでしょうか｡もしコドン単位で結合しているのであれば､コドン単位(3の倍数)での欠損･挿入が生じるはずですから｡

http://www.sc.fukuoka-u.ac.jp/~bc1/Biochem/translat.htm