RNAのコドンについてお伺いします。開始コドンであるメチオニン(AUG)と、終止コドン(UAA, UAG, UGA)には、ともにアデニンとウラシルが含まれています。これはアデニンとウラシルが両方とも含まれていると(特にAUG, UAA, UAGのようにアデニンとウラシルが並んでいると)、符号としての強度が強いということでしょうか。たとえばアデニンとウラシルの水素結合がコドンの中で成立しているのでしょうか。


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  • 登録:2010/02/24 15:44:18
  • 終了:2010/03/03 15:45:03

回答(2件)

id:suppadv No.1

suppadv回答回数3552ベストアンサー獲得回数2682010/02/24 22:41:00

ポイント35pt

アデニンやウラシルは符号としての強度は弱くなります。

以下のサイトの結合を見ていただけば判ると思いますが、アデニン-ウラシルの水素結合は2つ,グアニン-シトシンの水素結合は3つですので、結合はグアニン-シトシンの方が強くなります。

http://www.keirinkan.com/kori/kori_chemistry/kori_chemistry_2_ka...



メチオニンが配列の中にあることもありますので、あくまでもシグナル配列との組み合わせを判断しているものと考えられています。

id:ShinRai

ありがとうございます。水素結合の数が2と3で、A-UのほうがG-Cより弱いということですね。

だとすると、4つの縮重がおきるCUX(ロイシン)、UCX(セリン)、CCX(プロリン)、GUX(ヴァリン)、ACX(スレオニン)、GCX(アラニン)、GGX(グリシン)、CGX(アルギニン)という8つのアミノ酸を指定するコドン(XはA, U, C, GのどれがきてもOK)に、GやCが多用されているのは、むしろこちらのほうが符号強度が強いから、2つのヌクレオチドの組み合わせだけを読み取る場合に使われていると考えられるのでしょうか。


ところで、コドンの3つのヌクレオチドの間では、どのように結合力が働くのでしょうか。

2010/02/25 10:22:38
id:ammann No.2

ammann回答回数7ベストアンサー獲得回数02010/03/02 06:53:03

ポイント35pt

コドンの3文字目が何でもいいというアミノ酸は確かにかなりあります。これは、コドンのゆらぎといい、変異に対応するためと言われています。tRNAはコドンの最初の2文字を認識しているという話も聞いたことがあります。

また、アルギニンは6種類のコドンがありますが、均等に使われているわけではなく、ヒトではAGGは19.8%、大腸菌では2.9%と生物種で大きく異なります。これは、大腸菌でヒトのタンパク質を発言させるときに問題となることがあり、大腸菌にAGGに対応するtRNAを発現するプラスミドを入れたり、ヒトの遺伝子を大腸菌で発現されやすいように最適化するということが行われます。

> コドンの3つのヌクレオチドの間では、どのように結合力が働くのでしょうか。

ということですが、私は遺伝子の研究をしていますが、3の倍数の欠損・挿入(フレームシフトが起きない)よりも、3の倍数ではない欠損・挿入(フレームシフトが起きる)のほうが遙かに多いです。これは、コドン単位での結合はないといえるのではないでしょうか。もしコドン単位で結合しているのであれば、コドン単位(3の倍数)での欠損・挿入が生じるはずですから。

http://www.sc.fukuoka-u.ac.jp/~bc1/Biochem/translat.htm

id:ShinRai

ありがとうございました。

3の倍数ではない欠損のほうが多いですか。

コドン単位の結合はないのですね。

そうするとフレームシフトは、まるで予定外のアミノ酸を

もってくる指示につながるのですね。

2010/03/02 16:13:56
  • id:nasi-goreng
    符号としての強度が強い
    と言うのは何を指していますか?
  • id:karuishi
    >符号としての強度が強い
    同じアミノ酸コドンの中でアミノ
    tRNAとの親和度が高いという意味ではないかな?
     
    多分関係ないみたい。
    >真正細菌では、GUG(バリン)やAUA(イソロイシン)、UUG(ロイシン)なども開始コドンとして使用する
    http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%96%8B%E5%A7%8B%E3%82%B3%E3%83%89%E3%83%B3

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