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VNC
Macを起動させておかなくてはいけないですが、VNCを使えばiPhoneからMacを操作できますので、PDFやmp3も開く事ができます。
Diff Docという製品版のソフトがあります。62,00円とかなり高価ですが、試用もできます。
Excelだけでなく、Word文書も比較できるというのがみそです。
ここにも同じような質問とお答えがあります。Vectorで簡易的なフリーソフトも手に入るようです。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1428859...
こちらのソフトの方がお勧めですね。
ipod touchでしか試したことがありませんが、orb live(http://www.orb.com/jp/orblive/)というソフトを使うと、パソコン内にある動画や音楽などの情報をネット回線をとうしてみることが出来ました。
Mac版も出ているようですので、試してみては?
ファイルの比較がしたいとはどこにも書いてないのですが…