消費税の確定申告で教えてください。

車両の売買を第五種事業として登録しているわけではない＝別事業である＝と想像します。

ここで車両売買を事業として分離していないのであれば、国税庁の簡易課税制度に明記されているように

2種類以上の事業を営む事業者が課税売上げを事業ごとに区分していない場合には、この区分をしていない部分については、その区分していない事業のうち一番低いみなし仕入率を適用して仕入控除税額を計算します。

となりますので、ご質問の通り、みなし仕入率50％を適用しなければなりません。

しかし、車両の売却を明確に事業区分（国税庁）していれば、第一種または第二種事業として計上することができます。

http://www.tax01.com/modules/xoopsfaq3/index.php?cat_id=8

事業用固定資産を売却した場合・・・・・第４種事業

事業者が自己が使用していた固定資産を売却した場合、その事業内容のいかんにかかわらず、第４種事業となります。これは同じ固定資産の売却にもかかわらず、事業者の事業区分によってみなし仕入率の適用が異なるという不合理が想定されるため、消費税基本通達13－2－9で「第４種事業に該当する」と規定されているものです

今回の場合は、第４種として計算します。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6505.htm

固定資産の売却代金は第四種事業になります。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/sho...

消費税法基本通達からです。

（固定資産等の売却収入の事業区分）

13－2－9　事業者が自己において使用していた固定資産等の譲渡を行う事業は、第四種事業に該当するのであるから留意する。 　

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6509.htm

サイト下に上記と同じ内容が記載されています。このサイトは１番さんの回答にも上がっているURLです。「第一種または第二種事業として計上することができます」と回答されていますが、そのような事は出来ません。

(6)　第四種事業

事業者が自己において使用していた固定資産の譲渡を行う事業は、第四種事業に該当することになります。

http://www.ics-p.net/seminar/bn/index0503.html

古い情報ですが解説の一番下に書かれている事は現在も有効です。

ちなみに固定資産の売却対価は、簡易課税における本業の業種区分が何種であろうと、第四種に区分されます。

http://www.shohi.com/toku/toku01_02.html

質問のケースはこの事例と同じです。

上記の計算は事業を1種類しか営んでいない場合ですが、複数の事業を営んでいる事業者も多くいます。またサービス業を営んでいる会社が車両を下取り（売却）したような時も、サービス業は第5種ですが資産の売却は第4種になるため、複数の事業区分が存在していることになります。

消費税簡易課税制度選択届出書を税務署に提出していますので車の売却代金は簡易課税として処理しなければなりません。申告書の付表５をご参照ください。課税売上高に係る消費税額の計算欄の第四種事業と第五種事業に区分して記入します。

１番さんの回答で「ここで車両売買を事業として分離していないのであれば以下～」というのは、たとえば課税売上の計算において第一種事業（卸売業）と第二種事業（小売業）を区分していない場合は一番低いみなし仕入率を適用しますということです。今回は車の売却ということで明示的に理解されて区分しているのですから関係の無い話です。

上記の回答で疑問点や分かり難い点がございましたら質問者さんの返信を利用して書いて頂ければと思います。その際オプションを「回答受付中にコメント・トラックバックを表示する」に変更して頂けますと容易にフォローすることが出来ますのでご検討をお願い申し上げます。