次のような事をしたいです。
(1) 社内での情報生産から社外への公開まで、シームレスに情報を流通させる。そのためには、XHTML（＋CSS）によるテキストデータの表現と、MySQLによるテキスト及びバイナリデータの保存、及び、Java言語による自動的な情報処理及びテキストデータとバイナリデータとの複合的な表現をおこなう。
(2) サーバ管理やバックアップはレンタルサーバ会社にまかせる。
(3) インターフェイスは、入力・出力とも、原則としてブラウザ＋XHTML（＋CSS）で、それだけでできない情報処理をJava言語でおこなう。
つきましては、
(1) レンタルサーバはどのような条件のものがよいか
(2) Java言語の中にも色々な領域がありますが、この場合、どのような領域を勉強すればよいのでしょうか（何でググるべきか?）。
No.2
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日本語およびバイナリデータを扱うということで、mysqlのコンパイルが必要です。
ですから、レンタルサーバーは出来あいサービスのみものではなく、自分でサービスを
インストール可能なもの、ただしOSレベルのサポート付きということになるでしょう。
http://server.sakura.ad.jp/plans.html
root権限がもらえないものはだめということです。
mysqlとのシームレスな連携、複数クライアントからのアクセス、環境を同じにしやすい
ということから、基本はphpが適当と思いますが。javaはブラウザレベルだけでいいのでは。
No.4
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(2)
MySQLに限らず、DBサーバーとのやりとりはJDBCというAPIを利用します。
接続先の表記方法はDB依存になります。MySQLの説明書に記載があるようです。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/connector-j-usagenotes-ba...
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/connector-j-reference-con...
DBのテーブルをJavaのクラス、DBのレコードをそのクラスのインスタンスで表すような設計をした場合は、JDBC経由で取得した結果(カラムの値)をインスタンスの各フィールドに転記する処理が必要になってきます。この処理を自動化したい場合には、HibernateなどのORマッピングの仕組みを利用するようです。
http://d.hatena.ne.jp/Horiuchi_H/20090502/1241144665
基本はServletとJSPです。加えて、一般的にはStrutsなどのフレームワークを利用します。
(少々古い情報ですが)
http://q.hatena.ne.jp/1154193175
どのような形態でJavaを利用されるのかわかりませんが、Webブラウザ内で表示させるならAppletを利用するのかと思います。ブラウザとは切り離して単独で動かすならJava SEの基本の範囲内で済むのでしょう。アプリケーションの配布を簡単にしたいならJava Web Startが利用できるかもしれません。
http://www.java.com/ja/download/faq/java_webstart.xml
(1)
詳しくないため申し訳ありませんが回答できません。
No.5
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(2) Java言語の中にも色々な領域がありますが、この場合、どのような領域を勉強すればよいのでしょうか（何でググるべきか?）。
このあたりの本を読むほうが手堅いと思う。逆引きで大体できることを把握するのが先決では？
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VPSサーバを借りていますので、基本的に「OSレベルのサポートとroot権限」は満たしていると思います。
ウェブ上での開発だけならPHPでしょうが、スタンドアロン・アプリケーションの開発にも使いたいので、Javaを選びました。