日本国内には、二酸化炭素を地中に運んでいる企業･団体って存在しているのでしょうか…？

日本では実証実験段階です。

財団法人地球環境産業技術研究機構（Research Institute of Innovative Technology for the Earth (RITE)）組織がという新潟県長岡市で実証実験しています。

http://www.rite.or.jp/Japanese/labo/choryu/choryu-frame.html

http://www.rite.or.jp/Japanese/project/tityu/gaiyou.html

実証実験も今は実用化に向けての段階に入りつつあり、実験候補地の一つの北海道の苫小牧が官民挙げて誘致運動を開始するという新聞記事も出ています。

http://www.yomiuri.co.jp/e-japan/hokkaido/feature/hokkaido123181...

CO2貯留研究グループでCO2地中貯留プロジェクトにおける取り組みを行っております。

http://www.rite.or.jp/Japanese/labo/choryu/choryu-frame.html

JAPEX 石油資源開発株式会社

http://www.japex.co.jp/technology/co2.html