Fujitsu Scansnap 1500 で書籍のPDFデータを作成しています。

１．
縦スキャンだと正しく書籍をスキャンすることができますが、読み取りに時間がかかります。

２．
横スキャンだとスピーディに読み取ることができるのですが、
読み込んだ後ページを回転する必要があります。

（参考）
http://bizmakoto.jp/bizid/articles/1006/29/news008.html

何か方法を間違っているのだと思うのですが、
私が２．の方法で読み取った後、ページを回転すると
PDFは互い違いに逆方向を向いた状態になってしまいます。

横スキャンでもページの方向を揃えてPDFを作成する方法を知りたく存じます。
ご存知の方はご教授願います。
どうぞよろしくお願い致します。