ＦＬＡＳＨでiphoneアプリが作れるようになったようですが、

Package for iPhoneでは、Air SDKによるアプリケーションの場合は、FLV(Sorensen video/ON2 VP6 video)形式がサポートされています。しかし、Flash CS5を使ったアプリケーションの場合は、外部サイトにあるMPEG(H.264 video)ファイルをnavigateToURL()メソッドを使って呼び出すことのみが可能です。また、navigateToURLを使った実装の場合、ビデオは外部アプリケーションを使って表示されますので、FlashアプリケーションからコンバートされたiPhone Apps内にビデオをエンベンデッドすることはできないと思います。

したがって、FLV形式のビデオをハンドリングする場合にはFlash CS5ではなく、Air SDKを使って実装する必要があります。

次に、この種のアプリケーションが承認されるかどうかですが、前、単なるWeb Clipのようなアプリケーションは承認できないと言われたことがあります。つまり、単純に外部サイトにあるファイルを表示するだけのアプリケーションはストアのクオリティーレベルに満たないという理由で却下される可能性があるのではないかと思います（ただし、実際には申請してみないと分かりません）。

もし申請が通るのであれば、iOS SDKを使って既に誰かが登録しているのではないかと思います。申請が通るかどうかは、一応、類似アプリケーションが登録されているか、Apps Storeを検索して調べてみることをお勧めします。

そもそもビデオに関してはApple Videos Storeが存在しています。Video Storeは日本ではサポートされていないため、日本向けにビデオの有料販売を行うことはできませんが、北米市場向けには多数の映画やＴＶ番組が有料販売されています。したがって、英米圏で通用するビデオであれば、英米圏向けに提供することはできないことではないかと思います。これはここで聞くよりはAppleに直接聞いた方が手っ取り早いでしょう。