jQuery コードについて質問です。

入れ子の数とかは別に問題ないですが、コールバック関数を入れ子にする場合は this が何を指しているかをキチンと把握していないといけません。多分それかなーと思ってthisの使い方だけチェックしたらやはり問題がありました。

とりあえず、コードが見にくかったので整形してみました。

$('#menu a').click(function(){
  $('h1#title').animate(
    {
      marginTop: '0'
    },
    1000 ,
    function(){
      // contentをスライド・イン
      $('#content').slideToggle(
        1000 ,
        function(){
          //SCROLL HANDLING
          //get the href value
          var whereTo = $(this).attr("href");
          var targetLink = whereTo.substring(1); //remove hash
          //if there is a div on this page where id = whereTo, then scroll to it
          if($("#"+targetLink).text() != ''){
            $.scrollTo(
              $("#"+targetLink),
              1000,
              {
                axis: 'y',
                easing: '', 
                onAfter: function(whereTo) {
                  setTimeout(
                    function() {
                      window.location.hash = targetLink;
                      hash = window.location.hash;
                    },
                    100
                  );
                }
              }
            );
          } else{
            window.location = rootPath + whereTo;
          }
        }
      );
    }
  );
  return false;
});

このコードでは whereTo という変数を作るために this が1箇所使われてます。

質問者さんはこの this にクリックされた a タグが入っていて欲しいんだと思いますが、この this には一番内側の $('#content') のエレメントが入ってる筈なので、それで動かないんだと思います。

このような場合は this を一度別の変数に入れておくのが常套手段です。以下のように直せば動くんじゃないでしょうか？

$('#menu a').click(function(){
  var clicked_a = this;
  $('h1#title').animate(
    {
      marginTop: '0'
    },
    1000 ,
    function(){
      // contentをスライド・イン
      $('#content').slideToggle(
        1000 ,
        function(){
          //SCROLL HANDLING
          //get the href value
          var whereTo = $(clicked_a).attr("href");
          var targetLink = whereTo.substring(1); //remove hash
          //if there is a div on this page where id = whereTo, then scroll to it
          if($("#"+targetLink).text() != ''){
            $.scrollTo(
              $("#"+targetLink),
              1000,
              {
                axis: 'y',
                easing: '', 
                onAfter: function(whereTo) {
                  setTimeout(
                    function() {
                      window.location.hash = targetLink;
                      hash = window.location.hash;
                    },
                    100
                  );
                }
              }
            );
          } else{
            window.location = rootPath + whereTo;
          }
        }
      );
    }
  );
  return false;
});

修正点は変数 clicked_a を導入しただけです。

ちなみに this の使い方しか直しておらず、それ以外のコードには目を通してないので他にバグがった場合は知りません。