ワードプレスのメインインデックステンプレートの記述の仕方について教えて下さい。

以下のようにカウントして、条件分岐で処理を分けてみてはいかがでしょうか？

<?php
$posts = get_posts('numberposts=3&category=1');
$i=0;
foreach($posts as $post) : setup_postdata($post); ?>
<?php if($i != 2) : ?>
<p><a href="<?php the_permalink() ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a></p>
<?php else : ?>
<p id="End"><a href="<?php the_permalink() ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a></p>
<?php endif; ?>
<?php $i++; ?>
<?php endforeach; ?>

※上記は全部で3件取得しているので、条件判定で「$i != 2」としていますが、もし実際に取得している件数が異なる場合は、件数から1を引いた数を指定してください。

(5件取得している場合は「$i != 4」)

<?php $g_post_ct=0; ?>
<?php $posts = get_posts('numberposts=3&category=1'); foreach($posts as $post) : setup_postdata($post); ?>
<?php $g_post_ct++; ?>
<?php if($g_post_ct ==3){ ?>
<p id="End"><a href="<?php the_permalink() ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a></p>
<?php }else{ ?>
<p><a href="<?php the_permalink() ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a></p>
<?php } ?>
<?php endforeach; ?>

このような感じです。