EclipseでPHPプロジェクトを作成・コーディング→それをオンラインファイルストレージでそのまま違うPCにコピー→そのディレクトリをそのPCのEclipseで読み込む、といったことをしようと思ったのですが、下記のようなエラーが出てプロジェクトを作成出来ません。

＞それをオンラインファイルストレージでそのまま違うPCにコピー

「それを」が何を指すかによります。

.projectファイルを含めて全く同じディレクトリ構成／ファイル構成であればプロジェクトを継続できるはずです。

＞上記のように異なるPCでPHPプロジェクトを共有したいと思った時は、SVNなどを使うのが一般でしょうか？

その通りです。

.projectかその手の設定ファイルはテキストファイルなので、メモ帳などで開いて中を確認してください。そこにパス（ディレクトリ）情報などがあると思います。

絶対パスとかで書かれている場合上手く読めませんので、このあたりを修正すればうまくいくと思います。相対パスでかいて構成を似せればコピーして移動しても読めると思います。

＞上記のように異なるPCでPHPプロジェクトを共有したいと思った時は、SVNなどを使うのが一般でしょうか？

あまり一般的でありません。

ひとりで利用する場合でも、バージョン（履歴）管理をしたいとかの場合以外は使うのが面倒なので使う人は少ないと思います。複数メンバーで共有する場合は使う場合が多いです。

ディレクトリ構造が同じでも、そのプロジェクトを置く場所が異なればエラーが出ても仕方が無いかと。

PC A で D:\Project\001 にあったのなら、PC B も同じディレクトリに置けば大丈夫かと。