作業上、汚染された、水深の浅い（最大2メートル）水の中に、数日間にわたって、毎日数時間づつ潜らなければならない場合（ダイビング）に、注意する点、また受けるべき予防接種があれば、教えてください。

水は飲まないで下さい、それと終わったらよく体と機材を洗浄するように。

注意すべき事はそれだけです。予防接種は受けなくても良いし、そもそもそういうところに居るようなのの予防接種ってあまりありません。

海水なら問題はありませんが、そうでないのであれば破傷風は受けておいたほうがよいと思います。

まあ、よく体を洗いましょう。汚染したものがつくと困るので。

予防接種はsuppadvさんの回答に書いてあることはやったほうがいいですね。

それでかかるような病気も無いですね。

皮膚に直接汚染水がかかることは無いと思うので、大丈夫です。そうした場合でも洗えばいいので。