金融機関の預金口座数と預金口座保有人数を調べたい。http://crd.ndl.go.jp/GENERAL/servlet/detail.reference?id=1000049427　の回答にある『日本銀行統計』を見ても、個別の金融機関の口座数がどこにあるかよくわかりません。どのファイルにかいてあるのでしょうか？

質問文で URL を提示された「レファレンス協同データベース」では、

毎年秋号（前年度報を兼ねる）に「特別掲載」統計として、国内銀行、信用金庫それぞれの「預金者別預金（金額階層別）」が掲載

とあります。
日銀のサイトにある 日本銀行統計 は、「秋号」とは明示されていませんが、日本銀行統計：目次 には「預金者別預金（金額階層別）」がP119からあると記述されていますので、「レファレンス協同データベース」が示しているデータがあるのはこのページでしょう。
日本銀行統計 のカテゴリー「(5)預金・貸出」の「データ」にある
http://www.boj.or.jp/statistics/pub/boj_st/data/bojst11e.zip
をダウンロードして解凍すると、bojst11e.xls（2.64MB）が得られます。
これをエクセルなどで開いて、「119」という名称のシートが国内銀行の「預金者別預金（金額階層別）」、「120」という名称のシートが信用金庫の「預金者別預金（金額階層別）」です。

「個別の金融機関の口座」というので、「三井住友」とか「みずほ」とかを期待されているのであれば、残念ながら国内銀行と信用金庫という２つの括りしかないようです。

総合的な状況としてはmeeflaさんの回答どおりですが、ネット銀行に限定すれば個々の銀行の公式サイトで口座数・預金残高が公表されています。

• 口座数・預金残高の推移 | ディスクロージャー | 楽天銀行について | 楽天銀行
• 財務の健全性について｜FX｜ジャパンネット銀行
• 口座数・預金残高の推移｜住信SBIネット銀行
• サービス状況データ | セブン銀行
• 口座数・預かり資産残高の推移 | ソニーバンク証券株式会社
• じぶん銀行 平成24年3月期 第2四半期 財務諸表の概要

預金口座保有人数についての統計はないようです。