私はあるITソフト開発会社(１次請)の技術者です。よく同業他社の方からの話で、

(1)日立、富士通、東芝、パナソニックの取引でだめだはないと思います。
特に関西ではパナソニックやシャープとの取引のプレミアムが高いのではと想像します。(後述)
(2)地域差ではないでしょうか?
(3)取引していることによる他社や世間に与える影響度に違いはないと思います。

自分もIT(インフラ系)会社に勤務していますが、NECがどうのとは全く聞いたことがありません。
土地柄にもよるのではないでしょうか?
身の回りではトヨタ系列との取引がおっしゃる事例に似たようなところがある気がします。
自分の身近な自動車業界でも西関東(横浜など)辺りでは日産とか、東関東ではスバルとか、浜松ではスズキとか、その地域地域で特色があると思います。

＃伏字が私の想定ともし相違ありましたらご容赦くださいませ。

NECエレクトロニクスが倒産しそうになった時にも、日本政府は支援しました。
NECは、日本政府との結びつきが強くて、経団連との関係も強固で、天下りも受け入れているのでしょう。だから「NECは絶対に倒産しない。」したがって「NECとの取引は絶対に資金回収が焦げ付くことはない。」つまり「NECとの取引が多くを占めている当社の経営基盤は磐石である。」ということを、NECとの取引を自慢する営業マンは言いたかったのではないでしょうか？
日本の産業界は「旧電電公社－NECや富士通など－その下請け－その孫受け」、「東電など－東芝・日立－その下請け－その孫受け」というピラミッド構造になっていて、この上下関係は江戸時代の士農工商のように絶対的なものになっています。NECとの取引を自慢する人は「自分は町人ではなくて外様大名なのだ」と自慢している気分なのだと思います。
このような取引をしている会社は、結局取引先のご機嫌をうかがっているだけで、たいした技術は無いことが多いでしょう。しかし、上手にご機嫌を伺っている限りにおいては、日本丸が沈まない限り安泰だと考えているのではないでしょうか？
この先日本政府が日本企業をどこまで保護しきれるかは不透明になってきています。
下請けとしての仕事をしているIT会社では、現場は大変です。変更管理もスケジュール管理も、発注先の気分しだいで、仕様も言いなりで、休日返上の深夜作業で長時間労働が常態化しています。
海外市場で元気なのは、日本のピラミッドにあぐらをかいている完成品メーカーよりも、日本のピラミッドでは苦汁をなめてきた素材メーカーや部品メーカーだったりします。テレビもスマートフォンも日本製の完成品は世界では全く競争力がありません。世界で成功しているiPhoneの主要部品には日本製品が多数使われています。
IT企業も、自力で世界に出て行けるようなIT企業の出現を期待しています。
あまりにも私見ですが、失礼ながら解答欄に書いてしまいました。

＞(1)日○や富○通、東○、パ○ソ○○クなどの会社と取引ではだめなのでしょうか。
作るシステムの業界や業種などにもよるんです。
介護保険ならどの会社が強い？とかそういう感じのものです。

同じシステムを作れたとしても、法改正の情報がいち早く情報がはいて来るとか
ほかいろんな点が違ったりするわけです。

また取引先の人の考え方にもよるわけです。

＞(2)N○Cと取引できることがなぜそんなにいいのでしょうか。単に会社の規模が大きいからというだけなら、(1)で挙げた会社のほうが圧倒的に大きいのではないかと思います。何かしらのメリットがあるような気がします。

うちは、NECとも富士通とも取引ありますと言えるところもあります。
メリットがなくても、メリットがあるようにいうのが営業です。
また、ハッタリで言ってるだけとかもあります。

技術者はそういうことがあまりわかっていないだけです。

会社の規模以外にも、上記で揚げたようなメリットがあるわけですから
もっと幅広い視点でものを見るべきでしょう。

＞(3)N○Cと取引している会社と、(1)で挙げた会社と取引している会社とでは、何か違いがあるのでしょうか。

ここまで一般論になると、なんとも言えないわけですよ。
違いがあるとしても、前提条件がないと、そのメリットの強さもわからないわけです。