PDFファイルの仕様には様々な段階があるのだと思いますが、文書内の記号や埋め込みサムネイル画像をクリックするとHTMLのように画像拡大して、閲覧者に対し「より詳細な情報提供」ができるようなポップアップ機能とかって用意されていますか？またそういう編集ができるソフトがもしあれば教えてください。

画像のリンクにjavascriptを割り当てると可能だと思います。

・アクションの種類
http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7c9a.w.html

・Acrobat の JavaScript について
http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7c98.w.html

・アクションおよびスクリプト
http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7c9e.w.html


※ただし、セキュリティの理由からjavascriptの実行を許可しない設定にしている人がほとんどだと思いますので、javascriptが設定されたPDFはあまり好まれないかもしれません。

・JavaScript
http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS396794562021d52e61f2249912b33f5b373-8000.html

・保護された文書を開く
http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7d9b.w.html

ポップアップに拘らないのでしたら、大きい画像をPDFに添付ファイルとして追加するのはいかがでしょうか？

http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7cb8.w.html

あるいはファイルを注釈としてつける事も可能なようです。

http://help.adobe.com/ja_JP/acrobat/standard/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7e4e.w.html

rouge_2008さん　コメントありがとうございました。とりあえず買ってみてチャレンジする価値はあることがわかりました。本当はベストアンサーにさせていただきたいですが・・・。

簡単だと思いますよね。
PDFファイルをwordまたはexcel、pptに変換するだけでOKです。
埋め込みサムネイル画像をコピーでき、再利用できます。
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このソフトはOCR（文字認識処理）による変換機能つき、スキャナで作成したPDFや画像が入ったPDFなど、画像化されたPDFや文字コードがないPDFでもwordまたはexcel、pptに変換できます。
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今回はPDFファイルの仕様や機能についてお聞きしています。