要領の悪いどじっ娘キャラほど給料が高くなる給与体系を改善する方法はありますか？

賃金とは何かという根元的な問題に関わりますので、単純な答えは出せません。労働の対価なのか結果の対価なのか、現実にはこれが混在するので訳が分からなくなりますが、そうならざるを得ない十分な理由があるので仕方ありません。
出来高制にしても雇用契約である以上、最低限の時間保証が必須になります。それが1つの方向性でもありますが、経験則から必ずしも好結果とならないところが人間の不思議な所です。
で、試行錯誤して現状の賃金体系でやっているのだろうと思います（単に他社の追随であっても）
一般的な賃金体系では、結果を反映させるために査定があります。これをきちんと運用できれば多少は不平等感を無くせるであろうと、、（少しは、）
　
残業代に手を付けるのは大きな間違いです。
違法であるのも当然ながら、なぜに時間対価なのかという根元部分なのです（詳細は省略）
　
残業命令は会社が出すものであり、春季交渉で会社側からそんな発言が出るのは愚の骨頂です。残業しろと会社が業務命令をしているのです（明確な指示でなくとも）不満なら残業させなければ良いのであって、それは会社が管理責任を放棄している証左であり、損害賠償請求されるのもうなずけるところです（社員の失敗は社長の責任）
結局、双方共にお子様ランチなのであって、それが損害という結果になって現れているだけの事です。ま、みんなそんなもんですから悟って下さい。（逝ってヨーイドン）