DNAの遺伝子情報の中には、ゲノムと、文法的な非コーディングRNAがあるというところまでは確認されています。トポロジー表現(細胞レベル、器官レベル、個体レベルなど)をしているDNAが存在していることは、まだ確認されていないでしょうか。それともその研究はすでにかなり熱くなっているのでしょうか。

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  • 登録:2012/05/10 14:41:32
  • 終了:2012/05/17 14:45:03

回答(2件)

id:takejin No.1

たけじん回答回数1480ベストアンサー獲得回数1922012/05/12 00:40:32

ポイント50pt

動的平衡2 生命は自由になれるのか

動的平衡2 生命は自由になれるのか

福岡先生によれば、生命はDNAのみにあらず。母系の細胞質その他の情報交換があって、相互作用と時系列作用で各役割を果たすらしい。

発生時に臓器の役割分担のトリガを引くのは、周辺環境のある物質の濃度。
DNA依存は少ないらしい。
まだまだ、活発に研究されているようです。

id:ShinRai

だとすると、環境要因によって、臓器の発現が変わるということになりますか。

意外と不安定なのですねぇ

2012/05/12 09:41:10
id:takejin

周辺環境といっても、卵割環境(つまり、もとの卵子で囲われた範囲)内です。生体の外部の環境ではなく、個々の細胞の周辺環境。隣接する細胞との相互作用が重要らしいです。
濃度勾配によっては、臓器の数をコントロールできるらしいです。

2012/05/12 09:47:48
id:suppadv No.2

suppadv回答回数3552ベストアンサー獲得回数2682012/05/12 11:25:50

ポイント50pt

トポロジー表現(細胞レベル、器官レベル、個体レベルなど)をしているDNAが存在していることは、まだ確認されていないでしょうか。それともその研究はすでにかなり熱くなっているのでしょうか。

分化の過程でトポロジー変化で制御が行われる例はあります。
http://kaken.nii.ac.jp/d/p/10671750
細胞分化におけるトポイソメラーゼとトポロジー変化により制御される遺伝子とその機能

id:ShinRai

DNAにトポロジーの概念が存在していることを確認できただけでも大変にありがたいです。

インターネットのパケットのようなヘッダー管理が行われているのでしょうか

2012/05/14 10:39:44
  • id:ShinRai
    これは関係するかな?

    http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2008-9-10-r154.pdf

    Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach

    Julio A Freyre-Gonzalez, Jose A Alonso-Pavon, Luis G Trevino-Quintanilla and Julio Collado-Vides

    Abstract
    Background: Previous studies have used different methods in an effort to extract the modular
    organization of transcriptional regulatory networks. However, these approaches are not natural,
    as they try to cluster strongly connected genes into a module or locate known pleiotropic
    transcription factors in lower hierarchical layers. Here, we unravel the transcriptional regulatory
    network of Escherichia coli by separating it into its key elements, thus revealing its natural
    organization. We also present a mathematical criterion, based on the topological features of the
    transcriptional regulatory network, to classify the network elements into one of two possible
    classes: hierarchical or modular genes.
    Results: We found that modular genes are clustered into physiologically correlated groups
    validated by a statistical analysis of the enrichment of the functional classes. Hierarchical genes
    encode transcription factors responsible for coordinating module responses based on general
    interest signals. Hierarchical elements correlate highly with the previously studied global regulators,
    suggesting that this could be the first mathematical method to identify global regulators. We
    identified a new element in transcriptional regulatory networks never described before:
    intermodular genes. These are structural genes that integrate, at the promoter level, signals coming
    from different modules, and therefore from different physiological responses. Using the concept of
    pleiotropy, we have reconstructed the hierarchy of the network and discuss the role of
    feedforward motifs in shaping the hierarchical backbone of the transcriptional regulatory network.
    Conclusions: This study sheds new light on the design principles underpinning the organization of
    transcriptional regulatory networks, showing a novel nonpyramidal architecture composed of
    independent modules globally governed by hierarchical transcription factors, whose responses are
    integrated by intermodular genes.
  • id:ShinRai
    http://www.nature.com/scitable/topicpage/analyzing-regulatory-networks-in-bacteria-14426192

    この記事は関係しそう
  • id:ShinRai
    http://path.upmc.edu/people/faculty/oltvai-lab/Publications.htm

    この中の諸論文、とくに2002年のScience Compass の図なんか、私が期待していた通りの図です

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