javascript、phpについて

preg_replace_callbackを使えば良いです。

<?php
$str = "ほげ<a>リンク</a>、ここです。\n";

// php-5.3以上ならクロージャが使えるので以下のように書けます(php-5.3未満だと文法エラー)
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', function($m) {
  return $m[1] ? $m[1] : $m[2];
}, $str);
echo $str2;


// php-5.3未満の場合、その１(関数を作っておき名前で指定)
function func($m) {
  return $m[1] ? $m[1] : $m[2];
}
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', 'func', $str);
echo $str2;


// php-5.3未満の場合、その２（無名関数を利用）
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', create_function('$m', 'return $m[1] ? $m[1] : $m[2];'), $str);
echo $str2;

ただこの例だと、Cherenkovさんのコメントの指摘のように preg_replace('/ここ/', '<strong>$1</strong>', $str) で良いですよね？
まぁ多分、例が悪かっただけで趣旨はコールバック関数での置換方法だと思いますが。