さくらのVPSをWebminを使って管理しています。

ネームサーバーとしてbind9.7.3を使用しています。
chrootで運用していて、zoneファイルは /var/named/chroot/var/named/ にあるのですが、なぜかWebminではそこを参照してくれません。
Webminのbind管理画面では、なぜかchroot運用になってなく、/var/named/下のzoneファイルを参照しています。ですので、Webminでzoneを更新しても反映されない状態です。
Webminのbindモジュール設定ではchrootで設定されています（「BINDを実行するchrootディレクトリ」の項目は「/var/named/chroot」）。
SSHで直接管理すれば問題はないのですが、Webminで管理したほうが楽ですので・・・。
どうすればWebminでもchrootでの管理が出来るようになるのでしょうか？どこか別に設定するところがあるのでしょうか？
よろしくお願いいたします。