ｊQueryの質問です、

検索エンジンなどから、そのサイトに訪れたときには表示されているけれど、そのサイト内でページを移動しているときには、メッセージを表示したくない、ということですよね？
あまり jQuery っぽいソースじゃありませんが、こんな感じでしょうか？

<script>
$(function() {
    // このページと同じホスト名で始まる URL かどうかの正規表現オブジェクト
    var re = new RegExp("^http://" + window.location.hostname);

    // referrer (移動してくる前のページの URL) と、このページが、同じホスト名かどうか？
    if (! re.exec(document.referrer)) {

        // 「ようこそ」のメッセージを表示する
        $("#welcome_message").show();
    }
});
</script>

<style>
#welcome_message {
    display: none;
}
</style>

<!-- 最初に、このサイトに来た人に表示されるメッセージ -->
<div id="welcome_message">
ようこそ！
</div>