以下のようなファイル名のＬＯＧファイルが５０個存在しています。

ExcelのVBAで作成しました。

※必ずデータのバックアップを取ってからご使用ください。
※変換後のデータに間違いがないか、よくご確認ください。

※VBAの最初の行でLOGファイルを格納するフォルダのパスを指定しています。
　パスは適宜変更してください。
※上記フォルダには処理を行うLOGファイルのみ保存し、
　別途「done」という空のフォルダを作成してください。
　「done」フォルダに処理結果のファイルを作成します。

以下、VBAです。不明な点がありましたら、コメントでお知らせください。

Sub Macro1()

ChDir "C:\Documents and Settings\USER\デスクトップ\VBA\LOG"
dd = Dir("*.LOG")

Application.DisplayAlerts = False

Do Until dd = ""
Workbooks.OpenText Filename:=dd, Comma:=True, _
FieldInfo:=Array(Array(1, 2), Array(2, 2), Array(3, 1), Array(4, 1))
Columns("B:B").Select
Selection.Replace What:="3", Replacement:="○", LookAt:=xlPart
Selection.Replace What:="5", Replacement:="○", LookAt:=xlPart
ActiveWorkbook.SaveAs Filename:="done\" & dd, FileFormat:=xlCSV
ActiveWorkbook.Close
dd = Dir()
Loop

Application.DisplayAlerts = True

End Sub

WSHでばっくり組んで見ました
動かしてないから細かいミスがあるかも
該当フォルダ配下にcnvというサブフォルダ作成して、元のフォルダに格納されているファイル全部読んだ上で、変換結果を同一ファイル名でサブフォルダに格納していきます

Set fs = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")

'対象のフォルダ
Dim FolderName
Dim FolderNameCnv

Dim readData
Dim arrReadData

Dim convreadData

FolderName ="c:\temp"
FolderNameCnv = Folder_Name & "\cnv"

Set objFolder = fs.GetFolder(FolderName)

'変換したファイルを格納するフォルダ
if fs.FolderExists(FolderNameCnv)
fs.CreateFolder(FolderNameCnv)
end if

'全部のファイルをループする
For Each objFile In objFolder.Files
Set f1 = fs.OpenTextFile( FolderName & "\" & objFile.Name)
Set f2 = fs.CreateTextFile(FolderNameCnv & "\" & objFile.Name, True)

readData=""
Do While f1.AtEndOfStream <> True
readData = f1.ReadLine
arrReadData = split(readData,",")
arrReadData(1) = replace(arrReadData(1),"3","○")
arrReadData(1) = replace(arrReadData(1),"5","○")
convreadData = arrReadData(0) & "," & arrReadData(1) & "," & arrReadData(2) & "," & arrReadData(3)
f2.WriteLine convreadData
Loop

f1.Close
f2.Close

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