複数フォルダでのgitの扱い方について

ubuntu上にリモートリポジトリを作成して、
同じアカウント(root),同じPC の/var/www/hogehoge　にgit initでローカルリポジトリを作成しています。ここで、リモートの設定を git remote add origin root@localhost:/var/git/myproject.git　にし、 test1.phpとtest2.phpをaddし、
コミットしpushはできています。

/var/www/hugahuga にgit initでローカルリポジトリを作って
test3.php をadd しcommitし、pushする場合
pullしてくる必要があると思います。

しかし、pullしてくるとtest3.phpをpushできるのがですが

hugahuga/test1.phpにもアクセスできてしまい都合がよくありません。
pullしてくるにしても不要なファイルは持ってきたくないのですがどうすればいいのでしょうか