帳簿で個人(有限)から株式に換えた時について

ただ今、親戚の会社に就職し帳簿を会計ソフトに入力しているのですが
９月からの株式の場合、９月分の売り上げなどはどちらに計上するのが好ましいのでしょうか？

取引先に２０日締めの翌月末支払の会社があり、その会社の売り上げをどちらに計上すればいいのかで迷っています。
その年の９月は２０日以前に２回の売り上げがあり、翌月の支払いとうちの月締めの売り上げとが食い違っています。

この場合うちも２０日締めの売り上げで計算していくべきなのでしょうか？

ご教授お願いします。