多くの場合、自宅のノートPCを会社へ持ち込んで

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ウィルス対策は、完璧ではありません。
必ず、新しいウィルスの発生（開発＆ばらまき）の後追いで、ウィルス対策が行われます。
また、ウィルス対策ソフトにもいろいろありますから、単純に「ウィルス対策しているからいいでしょ」とはなりません。
パターン更新の頻度だってわからないし。

「ウィルス対策が完璧じゃないのは、会社も同じでしょ？」と言うんでしょうね、きっと。
もし、ウィルス感染による被害が出たとして、個人が持ち込んだ PC が感染源だった場合には、損害賠償を請求されるでしょうね。

例えば、500人くらいの会社だとして、ウィルス騒ぎで2時間業務が停止したとします。
一人あたりの売上は幾らくらいでしょう。
給料の数倍は無いと、ビジネスとして成立してませんから、一時間当たり 3,000円 としましょうか。
ざっと、2時間の停止で、2×500×3,000 ＝ 3,000,000 円というところでしょうか（見積としては、低めだと思います）。
会社で対策を行っている場合には、その辺りの損害は、表に出てきませんけどね。


持ち込みPCの接続を制限する、もうひとつの理由は、データの持ち出しです。
こういうところだと、USB メモリなどの外部媒体の接続や、CD などへの書き込みも制限されていると思います。
ここ数年、ずいぶん厳しくなってると思いますが、それでもデータの流出は無くならないですねえ。
対策をする側としては、持ち出しの手段をつぶしてゆくしか方法が無い*1ので、それも接続の禁止理由になります。