chrome使ってます。超整理法的な感じで、よく使う順にブックマークが表示されると良いなと思います。そういうツールないし方法はありませんでしょうか

新しいタブ ページを使用する - Google Chrome ヘルプ
「新しいタブページ」の「よくアクセスするページ」を使えばいいんじゃないですかね。
オプションから起動時に新しいタブページを開くようにもできます。

単純に自動的によく使う順にブックマークは並べるだけでは不便なのでよく見るページをブックマークバーに登録してそれを自分の用途に合わせて自由に切り替えられる拡張機能の方が便利だと思います。

Bookmark bar switcher
http://www.forest.impress.co.jp/docs/review/20110119_421015.html
http://bit.ly/TIGN10

http://forums.androidcentral.com/motorola-xoom/67436-there-way-sort-bookmarks.html
"how to sort chrome bookmarks by frequency" でぐぐっても英語ユーザーでさえその答えにはたどりつけていません。クロームのブックマークには頻度データが出ないので、エクスポートしてエクセルなどでソートしてしまうという手もつかえなさそうです。
私ならば、定期的にブックマークバーのものを一斉に”２０１２＿１１”などというフォルダに全部うつして、そのなかからブラウジング訪問し、あっ自分、このサイトによく来ているな、とおもったら右上の☆を押して編集してブックマークバーにもどす、という作業をしてみるかとおもいます。
繰り返せば玉葱みたいな感じにフォルダがふかまっていき、一番訪問頻度がひくいものはずいぶんフォルダを掘り返さなければ尋ねられない状態になるのでｗｗｗあとでブックマークマネージャーから階層を望む形に編集しなおしますね。

これ使えるでしょう？
http://markezine.jp/article/detail/15660