EC2について初歩的な質問です。

ec2のインスタンスは再起動するとデータが初期化されるという認識はあっていますか？

合っています。
もっともローカルでインスタンスの終了はできませんが。

EBSは再起動等してもデータは消えないという認識であっていますか？

合っています。

LAMP環境をec2で構築する際には、ソースコード及びmysqlのデータはどのように配置するのがセオリーですか？

コンパイルオプションにこだわりがないのであれば、ソースコードからコンパイルする必要はないと思います。
yumでインストールした方がメンテナンスが楽です。

■　ec2のインスタンスは再起動するとデータが初期化されるという認識はあっていますか？
rebootするだけであれば、データは初期化されませんよ。Terminateをするとデータは無くなります。

■　EBSは再起動等してもデータは消えないという認識であっていますか？
rebootでは消えませんし、Stopした状態でもデータは消えません。Terminateするとデータは無くなります。

■　LAMP環境をec2で構築する際には、ソースコード及びmysqlのデータはどのように配置するのがセオリーですか？（S3という物もあるようですが）

データに関しては、予めec2のインスタンスにEBSのVolumeをアタッチしておいて、そのEBS上にデータを配置するのが無難かと思います。もしくはRDSを使うと良いと思います。
http://aws.amazon.com/jp/rds/

回答２の通りなのですが、
まとめると以下のようになります。

EBSでもTerminateすると消えるので注意してください。

インスタンスを停止すると、ディスクの内容が失われる
http://d.hatena.ne.jp/hyoromo/20090421/1240334479

インスタンスを停止してもディスク内容が消滅しない「Amazon EBS」
http://codezine.jp/article/detail/3546

EBSブートのインスタンスが起動するまでの流れ

EBSブート用のAMIから起動する
自動的にEBSボリュームが作成され、イメージが展開される
EBSボリュームからインスタンスが起動する
終了するとstop状態でEBSボリュームが残る (設定でterminateにもできるので注意)
terminateするとEBSボリュームが消える
http://blog.maesan.jp/1263499.html