最近のアニメや漫画で、萌えや腐女子向けが多いのは、著作元側が二次創作のエロやBLのネタにされたいからですか？

下心というか、商売です。今や腐女子も立派なお客様。
カネを出せば要はどんな客でもいいんです。
あなたのういう思わせぶりな作品も多くなって来ましたが、公式が（BL作品です、乙女ゲーです、などと）アナウンスしない限り、ユーザーがどこまで詮索して触れ回ろうと、それは妄想と同じでしょう

　難しい舞台設定や感情移入しにくい複雑な人間関係、多数の登場人物……などの事を考える事無く、シンプルにファンが楽しめるからだと思います。
　特に現在は１２～１３話（１クール）ものが多いため、話を複雑にできないという事情もあるでしょう。

　萌えときゃ売れるという状況は、作り手側だけでなく、ファン側のニーズの問題もあると思いますね。需要と供給のバランスが取れているので成り立っていると思います。
　特に角川が始めたメディアミックス路線は今では当たり前になっています。アニメ自体だけでなく、関係商品やコミックや小説化、ネットラジオ等々……そして人気がでたら劇場版などのビジネスモデルができあがっています。
　
id:Kaoru_A

ＢＬで育った編集者や読者が増えただけというか…。
ジャンプ世代とも重なりますし、別にムリはありません。
オタクがこれだけメディアにでるならフジョシもでるでしょうね。
　
ねらってる感じのキャラ配置でも全然もりあがらないものもけっこうあります
（某定評あるＢＬゲーをアニメ移植したら作画が悪いと散々でした…）し、
逆にこれは同人向けじゃないだろとおもってもみんな普通に萌えた。とか見てるのもあります。
おばさん世代fujoshiのアンテナは非常に高精度（クオリティの高いドラマを探すという点で）とおもいます。
　
イギリスに萌える系の人はシャーロックやハリポタ（親世代）、ロードオブザリングやホビットの冒険なんかを押さえてて感想をおしえてくれますし、
アメコミだとキャプテンアメリカ、アイアンマン。
いにしえからジャンプ系の人はＨＫ（映画）も面白かったーといっていました。
若い人が進撃でマギで黒子なのも存じていますし、納得も出来ます
（他に同じくらい面白いものもいっぱい知ってるけど）。
おばさん世代が同人萌えした余波が低年齢層にもわかる形で伝播してる感じがします。
ていうか、やっぱり絵柄がカワイイ人たちが若い人に受けるなーというか…