特許を受けようとする発明の属するカテゴリについての質問です。

単純に「方法」と「装置（システムも多くはこちらで取り扱われることが多い）」が一緒くたに取り扱われているからです。
いってみれば「治療方法」と「薬」を一緒くたにしているようなものです。
もっと一般的な例でいうと「ファッション」と「服」を一緒に取り扱っているようなものです。　

　
理由としては片方だけに引用例があったときなどに困るなど考えられますが、法律が存在する以上理由は関係ありません。
とにかく、改善多項制以来、別個のカテゴリーのものは別個の請求項として立てるという決まりなのです。
ここでいうカテゴリー違いとは、「手順」という目に見えないものと、「装置」という目に見えるものの場合、顕著です。また、ここでいうカテゴリー違いの発明は、３７条でいう複数の発明とは異なります（装置と方法であっても３７条違反にはならない場合が多い）
　
万引きをしたら捕まるという刑法とおなじように、「～装置または方法」と書いたら自動的に３６条の拒絶理由をうけます。
特別扱いはありません（もっと根本的な理由で拒絶されてしまい３６条をうける段階にもいたらない場合はあります）。
請求項を少なくして出願手数料をケチるため無理矢理文章を合体させても、日本語の文章としてムリが生じるのでダメですよ…という意味とも受け取れますね（＾＾）。
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もうすこし半導体との場合でいうと、
「請求項１．～～てなる半導体およびその製造装置。」という請求項は、３７条には該当しませんので、審査対象外とはされません。されませんが、審査中に「不明確」な書き方であるとの３６条の拒絶理由をうけ、手続補正をすることになります。（３７条の場合、複数の発明が存在した場合２つめ以降はそもそも審査の対象になりません）
モノ、方法、装置などは特徴や目的が共通するのなら「一つの出願とすることはできる」のですが、「だからといって一つの請求項内に必ずしも書けるわけではない（むりに詰め込むと審査のときに訂正させられる）」という意味です。
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たとえば、ファッションが「赤っぽい」という特徴があったとしても、それにつかう「服」が必ずしも赤いとは限りません。「赤っぽいファッションまたは服」では、ファッション（髪の色、肌色のメイク、下着など全体の印象）が赤くなければならないのか、「服」だけが赤ければ足りるのか文章として意味があいまいになってきます。赤といってもサンタさんぽいなどの特徴をあらわしたいのなら、「請求項１：顔面にヒゲを備え、ズボンまたはミニスカート、長袖前あき上着、長靴および帽子を赤くしてなるファッション。」のようにまず書いてから、「請求項２：請求項１においてズボンが白いファーつき赤ズボンであるファッション。」と、箇条書きのように分けて記載していかなければなりません。なおこれは例示であり、技術的思想については無視しています。

特許請求の範囲の記載に関して、特許を受けようとする発明は、請求項ごとに記載しなければなりません（特許法第36条第5項）。

「○○半導体とその製造方法」は、発明の名称の話であって、特許請求の範囲には、「○○半導体」の発明についての請求項と、「○○半導体の製造方法」の発明についての請求項との、少なくとも二つの請求項があるはずです。

審査基準における「～する方法または装置」や「～する方法及び装置」は、一つの請求項において、そのような記載があった場合の事例です。この場合は、一つの請求項に記載された、特許を受けようとする発明が、方法の発明なのか、装置の発明なのかが分かりません。したがって、発明のカテゴリーが不明確となります。

「▲▲を冷却する方法及び冷却システム」の場合も、一つの請求項に、そのように記載されたのではないでしょうか。
この場合は「▲▲を冷却する方法」の発明の請求項と、「▲▲を冷却する冷却システム」の発明の請求項とに請求項を分ける（特許請求の範囲の記載としては請求項の数を増加）することによって、不明確さは解消されます。

「○○半導体とその製造方法」は「○○半導体の製造方法」であると解釈されるので、発明として審査対象となります。

「～する方法または装置」「～する方法及び装置」は、「方法」の発明なのか「装置」の発明なのかが曖昧であるため、審査対象外となってしまいます。
「～する方法」の発明であることを明言し、その方法を実現するために装置が必要なのであれば、詳細の中で装置について触れればＯＫです。

こちらでポイント解説されています
特許法　II　明細書記載要件～明確性の要件
http://www.ishioroshi.com/biz/kaisetu/tokkyo/index/shutugan_meisaisho_meikakusei/

基本的な考え方
　発明の明確性と請求項の制度の趣旨に照らすと、一の請求項に記載された事項に基づいて、一の発明が把握されることが必要であると解されています。

　それで、請求項において、発明を特定するための事項に関して二以上の選択肢がある場合で、それら選択肢どうしが類似の性質又は機能を有しない場合には、一の発明とはいえず、発明の明確性に反することとなります。

　例えば、「特定の電源を有する送信機又は受信機」という一の請求項中の記載や、一の請求項に化学物質の中間体と最終生成物とが択一的に記載されている場合等が、これらの例となります

皆さんの回答の通り、「～する方法または装置」「～する方法及び装置」は、「方法」の発明なのか「装置」の発明なのかが判りません。
そこから考えると、「○○半導体とその製造方法」は「○○半導体」なのか「製造方法」であるか判らないので、同一性がないと解釈されないのかという疑問が起きるかと思いますが、大概、請求項の中にその製造方法を用いて製造される○○半導体、というような請求項があり、同一性があると判断されます。

http://www.jpo.go.jp/shiryou/kijun/kijun2/pdf/tjkijun_i-1.pdf

こちらが参考になると思います。

特許法第 79 条の「発明の範囲」の解釈についての一考察