ガンダムオンラインを初めてして、指揮官モードで遊びたいのですが、料金がわかりません、あと　どうやったら指揮官モードでできるのでしょうか。。。

指揮官モードをプレイする為には必ずチュートリアルをクリアしないといけません。
また、一定の評価ポイントが付与され
・ゲーム途中での退出（回線切断やクライアントのクラッシュ含む）
・戦闘終了後の指揮官評価投票でのマイナス
これらによって、所持している評価ポイントがマイナス状態だと指揮官モードはプレイできなくなります。
マイナスになった場合は、一定時間経過後、再度チュートリアルをクリアする事により再度プレイ可能となります。

Q.指揮官やりたいんだけど、どうすればいいの？

A.まずは立候補だ。
戦闘開始前のブリーフィングで、左上にある『立候補』ボタンをポチッと押す。(開始10秒前までならキャンセルも出来る。)
開始10秒前に指揮官が決定される。複数人の場合は抽選だ。前述の通り、階級は関係ないぞ！
操作方法はチュートリアルと、公式HPを読んでおけ！当然、開始前にな！

http://wikiwiki.jp/msgo/?%BB%D8%B4%F8%B4%B1%A5%E2%A1%BC%A5%C9

ガンダムオンラインのトップページにあるように、基本無料みたいですね。
BC（バナコイン）を購入して、それからアイテムを入手する仕組みじゃないでしょうか。課金個所一覧 - 機動戦士ガンダムオンライン超攻略 Wiki

指揮官モードはこちらが参考になります
http://msgo.bandainamco-ol.jp/member/system/war/commander.php

指揮官モードを遊ぶには
１．大規模戦の１人で参戦予約画面から「指揮官として参戦」ボタンを選択、もしくは大規模戦のルーム内で「指揮官立候補」ボタンを選択します。

２．立候補ボタンを押すと『指揮官立候補状態』となり、戦闘開始時『指揮官立候補状態』のプレイヤーから抽選で１人指揮官に選ばれます。抽選で外れたプレイヤーはパイロットとして戦闘に参加することになります。

指揮官モード

http://gow.swiki.jp/index.php?%E6%8C%87%E6%8F%AE%E5%AE%98%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89

こちらが参考になると思いますよ。