記事の文章からみると、大学側が監督責任を問う「処分」として、給与をカットしたのではなくて、ご自分で辞退するようです。
No.1
いや、入らなかったものは最初からカウントしない、で当り前でしょう。
この場合で言えば、大学側が
「じゃあこのひと月分の給与カット（渡さない）ね。
でも、帳簿上は払ったということにしておくよ」
とでもなるとでも思います？
また逆に、大学側は一旦払っておいて、それが教授により私的に返され（なんならそれが関係者たちの飲み代に消え）
「われわれ大学は払った。教授が「返上」と言おうが、彼の可処分所得の勝手な消費か、どこかに捨てたかと一緒でしょ？」
となるとでも？
また、教授からすれば
「私はそのひと月分の給与を、実際には受け取らず、帳簿上は支払われたことにして、その分帳簿上増える収入/所得分にかかる余計な税金を甘んじて払おう」
となるとでも？
大学、教授、どっち側にも税務上の義務があり、それを内輪でどうこうしようと、必ず何らかの然るべき帳簿上の記載は為されなければならない、ってだけです。
税額上、損したい者は敢えて損するような記帳を受け入れればいい。
おかしな思考実験を弄ぶくらいなら、ちゃんとした税法の勉強をわずかでもやられたほうがマシですよ。
No.2
いや、処分ではなく自主的な返納なので贈与でしょう。
額次第で大学側に贈与税がかかるかな？ｗ
現実にはそんなものは払いたくないでしょうから、寄付金扱いにして非課税とか。
遡って処分にして減給とすれば当人の所得税は減りますね。
学校側は経費が減るから法人税が上がるけど、学校法人は収益事業以外は非課税だね。
帳簿上払った事になると、個人の所得税は発生しますね。www
来月からの給与の場合ですが、それを要らないと本人自主的に言うのか、一種の人事査定で大学側が減額をするのかで、違いうるような気がしていました。「経理帳簿」の記載から見れば同じですし、キャッシュの動きから見てもおんなじですが。
また、過去に逆上る場合は？どうなるのかな、とも思いました。払ったものを戻すのですから、寄付金となるのか（法人税では、寄付金の提供先によって、損金参入の扱いに差があります。所得税も似たようなものだと思います）、大学側は、受贈益になるのか（学校法人で、本件の給与返上は、収益事業ではないので気にしないでよいのかもしれませんが、一般企業だと、まさに受贈益でしょうか）。
どこまで逆上るかによりますが、決算期を跨げば、学校側は、修正申告をして、暦年を跨げば、個人も修正申告（修正版の源泉徴収票を再発行してもらって）でしょうか、とも思いました。
回答者様（おふたかた）のご回答が、まったく二つに分かれているので、これは難しい問題なのかとビクビクしております。
私は、税務の仕事はしたことないし、将来、配置転換で就くとは思えないので、
Q&A方式の書籍をさっさと探すのが早いかと、あらためて思っていたところですが（Q&Aでもなかなか見つからないですが）、腰を落ち着けて勉強した方がたしかに良いとは思います。
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コメント（1件)
その場合、各種保険料、年金等、源泉徴収を引いた分を本人に支給し、支給された部分だけ返納することになると思いますが、会計処理としては、給与をマイナスとして戻すか、２号さんのおっしゃるように寄付金、または雑収入でしょうか。私だったら雑収入でしょうか？