裁量労働制でも遅刻等により給与が引かれる場合がありますか？

原則としては労働時間の管理をしないので遅刻も関係ありませんが、設定方法によっては一定の始業時間や終業時間を決められますので、場合によっては引かれる事もあるでしょう。

裁量労働制では、勤務時間の記録をしませんから、遅刻というものがありません。

しかし、本来は裁量労働制ではないのに、残業手当を払いたくなかったり、労働基準法以上の残業をさせていることを隠したかったりするために、名前だけ裁量労働制という名前をつけている会社があります。その場合には遅刻等により給与が引かれる場合があります。
会社が労働基準法に違反していますから、労働基準監督署に相談してください。