path設定のことです。

＞C:\Java\jdk1.7.0_40\なので変数値も僕に合わせるのでしょうか？

インストールするときに選択したインストール先に合わせます。
極端な話をすれば、
C:\Java\jdk を選択してインストールしてしまってもかまわないのですが、
のちのち新しいバージョンを入れる可能性を考慮するならば、
C:\Java\jdk1.7.0_40\ が望ましいです。


＞http://q.hatena.ne.jp/1379927532#qc3847

32bit版をいれてしまったという話は解決したのでしょうか？
まだであればアンインストールしましょう。
アンインストールはWindows標準の方法になりますが不明であれば下記参照。
http://www.java.com/ja/download/help/uninstall_java.xml


＞ユーザー環境変数とシステム環境変数

デフォルトの C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_40\ ではなく、
C:\Java\jdk1.7.0_40\ にインストールしたということは、
他ユーザーでも使えるようにしたかったということでしょうから、
システム環境変数にpathを追加します。

しかしながら、
あまり意味もわからずにC:\Java\jdk1.7.0_40\にしたということであれば、
とりあえず、実験用のユーザーだけで使うということにして、
ユーザー環境変数に設定するのが望ましいでしょう。


＞binディレクトリというものがありません

ひさびさにWindows上にインストールしてみました。
binフォルダはしっかり存在していますし、
binの中にはjavaを実行するためのjava.exeや、
コンパイルするためのjavac.exeなど各種プログラムはしっかりとありました。

開発／実行環境ではなくドキュメントをインストールしてしまったのではないでしょうか？
64bit版最新のファイル名 jdk-7u40-windows-x64.exe です。再確認を。
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html

pathの設定まで正しくできたらコマンドプロンプトで、
java -version と入力して動作確認しましょう。
正しくセットできていればバージョン表示が出てきます。