Linuxのターミナルから起動できるブラウザで、オプション指定によりcookieやuser-agentの変更が出来るブラウザを探しています。

curlやwgetコマンドで取ってきて、表示は普通のブラウザを使う、というだけではダメなんでしょうか？

ブラウザならなんでも良い、ということだと、lynx と w3m では出来そうです。

http://lynx.isc.org/lynx2.8.7/lynx2-8-7/lynx_help/Lynx_users_guide.html

• useragent=STRING

set different Lynx User-Agent header. Lynx produces a warning on startup if the STRING does not contain "Lynx" or "L_y_n_x", see the note in the Options Menu section for rationale.

• cookie_file=FILENAME

specifies a file to use to read cookies. If none is specified, the default value is ~/.lynx_cookies for most systems, but ~/cookies for MS-DOS.

• cookie_save_file=FILENAME

specifies a file to use to store cookies. If none is specified, the value given by -cookie_file is used.

• cookies

toggles handling of Set-Cookie headers.

「cookieが変更できる」というのが具体的に何なのか図りかねましたが、lynxだとplain textだったと思うので適当に作っておいてそれを指定するという方法でどうでしょう？

http://w3m.sourceforge.net/MANUAL

• header string

HTTP要求ヘッダを追加する．

UAやCookieも追加出来るんじゃないだろうか。
あと、書いてないけど、保存してるcookieはlynxなんかと同じ書式だった気がする。