こんにちは。unityというゲームエンジンが最近流行っていると知りました。そこで、ネットで調べてみましたが、よくわからないことがあります。

使ったことないというかゲーム自体作ったことないですけど、容易といえば容易なんでしょう。
それもunityの売りの一つになってますから。
http://japan.unity3d.com/unity/multiplatform/

しかしそれは当然プラットフォーム依存の機能を使わず、行儀よくunityのお作法を守って、能力の低いプラットフォームに合わせての話ではあると思います。
＃もしくはプラットフォームでパラメータやコードを変えるか。
下記に若干の注意事項はありますね。
http://docs-jp.unity3d.com/Documentation/Manual/iphone-GettingStarted.html
http://docs-jp.unity3d.com/Documentation/Manual/android-GettingStarted.html

そのへん、Windowsでのバージョン間の非互換性とか、HTMLでの互換性や書き分けなんかと同じといえば同じだと思います。
ただ、素人ながら、デスクトップとモバイルでの画面サイズやタップorマウスというUIがゲーム性に及ぼす影響を考えると、そもそもが大変は大変で、それが作り方によりかなり軽減されるだろうけれど、操作性など凝りだすと大変なことに変わりはなくなるかも、と思います。