javaプロジェクトにおいて、ビルドパスはどのように設定されているのでしょうか？

[エラー内容]

windowsのコマンドプロンプトやeclipse上でアントすると下記エラーが発生します。

Buildfile: C:\Users\mar\Dropbox\java\jpf-symbc\build.xml
-init:
-compile-annotations:
-compile-main:

～省略～

[javac] java_orig\jpf-symbc\src\main\gov\nasa\jpf\symbc\GreenListener.java:4: エラー: パッケージgov.nasa.jpf.searchは存在しません
[javac] import gov.nasa.jpf.search.Search;

～省略～

[javac] java_orig\jpf-symbc\src\main\gov\nasa\jpf\symbc\HeuristicListener.java:29: エラー: パッケージgov.nasa.jpf.vmは存在しません
[javac] import gov.nasa.jpf.vm.ChoiceGenerator;

[試した事]

ubuntuにファイルをそのままコピーし、アントを実行するとビルドは成功する。

その際、きちんとビルドパスは通っている事を確認。

windows上でビルドパスの読み方に問題があるのではと考え、ビルドパスを追ってみると共に適切な変更を加えたい。

java_orig\jpf-symbc\nbproject\ide-file-targets.xml1(21行目）より

<sourcepath id="source.path">
<pathelement location="src/main"/>
<!-- we don't have these
<pathelement location="src/peers"/>
-->
<pathelement path="${jpf-core}/src/main;${jpf-core}/src/peers"/>　　　←ココ！
</sourcepath>

上記の${jpf-core}についてはjava_orig\jpf-symbc\build.xml(28行目)より

<!-- if there is none, default to a 'jpf-core' peer dir -->
<property name="jpf-core" value = "../jpf-core"/>　　　　　　←ココ！

<!-- get the jpf-core path properties -->
<property file="${jpf-core}/jpf.properties"/>

そしてide-file-targets.xmlはjava_orig\project.xmlにのみ読み込まれていて、コンパイル時に関係あるかどうかわかりませんが

<action name="test">
<script>nbproject/ide-file-targets.xml</script>
<target>test-project</target>
<action>

上記形式で扱われていました。

ただ、これがビルド時に、どのようにbuild.xmlと関係あるかについてはこれ以上追えていないので、解決のヒントを教えて頂けると幸いです。