盗撮やリベンジポルノで有罪の犯人が「それでもこの映像は捨てない」と言い張った時、どうなりますか？

推測ですが、裁判所が被告側にビデオを返還しなければならなかったのは、警察が家宅捜査に失敗し、ビデオの押収が出来なかったところに原因があるものと思われます。

被害者の手記にも

　警察の方からは、マッサージ店から私のビデオは押収されなかったので、撮影していなかったのだろうと説明され、安心していましたので、被告人がビデオを撮影していて、それが今弁護人の手元にあるということを知らされた時は、自分の人生が終わったような恐怖を覚えました。法廷で証言をした後にビデオの存在を知らされている他の被害者の方も同じようなつらい気持ちだと思います。

とありますから、間違いないでしょう。
警察にも簡単に見つけられないように巧妙に隠したのか、マッサージ店と自宅の他に隠れ家的な存在があって、そこが捜査令状から漏れたのが原因なのかそれは解りません。
捜査令状を取った上で押収した、或いは任意で提出させたのなら、公判中は証拠として押さえておくことが出来たのでしょうが、公判開始前までそうでなかったのでしょうから、弁護側が証拠として保持しておきたいと主張するなどで返還を求め、認められたものと推測されます。

で、少し理解されていないようなので、盗撮の違法性というのは軽犯罪法や迷惑防止条例にあるのではありません。
憲法十三条　幸福追求権?にあります。

すべて国民は、個人として尊重される。生命、自由及び幸福追求に対する国民の権利については、公共の福祉に反しない限り、立法その他の国政の上で、最大の尊重を必要とする。

先に、
>また、盗撮といっても「政治家の不正行為を撮った」なんて場合もありますよね。その時、盗撮での裁きはは甘んじて受けるが映像は公開する」という場合なども想定するとどうなるでしょう？

このケースだと、その政治家の悪事を正す、或いはその前段階の報道を目的とするのであれば、公共の福祉に合致するとして罪を問われませんが、その政治家を脅して金品を強請ろうとでも言うのなら罪に問われることになります。

で、本来の質問に回答すると、一般には警察によって家宅捜査の際に証拠として押さえられ、その後裁判の判決で没収とされれば、裁判所に没収されます。

質問でご指摘のとおり、無価物ですから没収後は廃棄となるんですが、今回の場合のように事件後、脅迫や強要の材料として加害者が使用しない限り、没収は難しいと考えられます。

というのも刑法１９条で没収できるとされるのは、
一 　犯罪行為を組成した物
二 　犯罪行為の用に供し、又は供しようとした物
三 　犯罪行為によって生じ、若しくはこれによって得た物又は犯罪行為の報酬として得た物
四 　前号に掲げる物の対価として得た物
と定められているからで、何らかの法で本人の意にそぐわない撮影に刑事罰を科す規定が無いからで、似たような状況で撮影された場合であってもその後が無ければ没収はできません。

ご指摘のケースだと、今後弁護士に対して強要罪で訴追して動画を没収するか、民事裁判で破棄或いは所有権を放棄させるかのいずれかになります。