おしえて欲しいのですが、

Ant というコマンドラインベースのツールがあります。
java のビルドに使われます。
http://ant.apache.org/

色々なことができて、ファイルのコピーもその一部です。
http://www.javadrive.jp/ant/copy/index2.html
↑リファレンスよりは、ちょっと読みやすいはず。


質問の文面だとインデントが崩れてますが、ディレクトリの階層はこんな感じでしょうか。

aaa
 ├ bbbb
 ├ cccc
 └ dddd
     └ eeee

こういう構成のディレクトリから、

• aaa ディレクトリの親ディレクトリをカレントとして、同じ階層にある dest ディレクトリにコピーする
• aaa/cccc はコピーしない
• aaa/dddd 配下の特定のファイル（名前やパターンの指定）はコピーしない

という場合、以下のようなビルドファイルを用意して ant を実行します。。

<?xml version="1.0" encoding="Shift_JIS"?>

<project name="my_project" default="do_copy">

  <target name="do_copy">
    <copy todir="./dest">
      <fileset dir="./aaa">
        <!-- とりあえず、全てのファイルをコピー対象 -->
        <include name="**/*" />

        <!-- そのうち、コピーしないものを個別に指定 -->
        <exclude name="cccc/**/*" />
        <exclude name="dddd/eeee/not_copy_no1.txt" />
        <exclude name="dddd/eeee/not_copy_no2.log" />
        <exclude name="dddd/eeee/*.bak" />
      </fileset>
    </copy>
  </target>

</project>

面倒そうな感じがする分、指定は細かくできます。
プログラムを書くよりは、ちょっとは楽です。
Windows でも Linux 系でも行けます。もちろん、Mac も。


対象外にする条件というのが、それほど複雑でなければ rsync とか FastCopy や robocopy という方法もあるかも。
rsync は、Windows で動かすところまでもってくのが面倒。
FastCopy や robocopy は、Windows 限定というところをどう考えるかだと思います。