lightbox（？　ではありませんが）の質問です。

今 気が付いたけど、RFC だと URL スキーム なんだな……
https://tools.ietf.org/html/rfc2397

締め切るの、早いです。まだ、付き合いますよ。

URL を指定するところって、普通は「どこにあるの」という記述をします。
本でいうと、「なんていう本の、何ページ目」ということが書いてある紙を渡されたようなものです。
元々、URL は、そういうふうに設計されました。
コピーを持ってなくても、どこにあるかが書いてあれば、紙も節約できるし、いつでも最新の情報が手に入る、と。

「データ URL スキーム」というのは、そのページに書いてある内容が、そのまま紙に書いてあるようなものです。
わざわざ、本を取りに行かなくても良いわけです。
内容が逐一更新されるような情報もあれば、一度、決めてしまえば内容が変わらない情報もあります。
コピーを持っておいた方が良いこともあるよね、ってのが「データ URL スキーム」です。

data:image/gif;base64,R0lGOD...
(1)  (2)       (3)    (4)

(1) : データがある場所じゃなくて、データそのものだよ、という目印です。
(2) : (4) の内容の扱い方です。この例だと GIF の画像ファイルだよ、という指定です。
(3) : (4) の翻訳方法が書いてあります。あまり、気にしなくても良いです。
(4) : データの内容です。画像ファイルの内容が (3) のやり方で翻訳されてます。

(1)～(3)までは大体意味がわかりましたが、(4)部分をbase64デコードすれば生データ（生記述？）がわかるかと思いましたが、変換サイトばかりでわからず仕舞いでした。（考え違い？）

いえ、その通りです。
質問にある URI では GIF 画像を base64 エンコードしたものです。
こんな感じでデコードすれば、GIF の画像ファイルに戻せます（unix です）。

$ echo "R0lGODlhAQABAIAAAP///wAAACH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAICRAEAOw==" | base64 -d > foo.gif

縦横 1dot の真っ白な画像です。
ポップアップの土台になる背景に使ってます。

。。。スキームという言葉も意味は様々なサイトに書いてありますが、感覚的にはまだ掴めていません。

URI の先頭部分のコロンまでを「スキーム」と言います。
http://q.hatena.ne.jp/ という URL の http がスキームです。
データ URI スキームは、スキームに data を指定する URI です。