Thunderbirdでフィルタの初期値がおかしい

先ほど、Thunderbird 38.6に対してフィルタの設定をしました。
手動でフィルタを動かすぶんには特段問題はないのですが、
メールを着信した際に自動的に動作する時に問題が出ます。
動作しないという状況です。
以前は動作していたので、当時の画面との差は
ツールからメッセージフィルタを選択した際に表示されるウィンドウの中のフィルタを使用するフォルダが受信フォルダとなっておらず、未選択の状態になっているという点です。
フォルダを手動で受信トレイを選択した状態にしてウィンドウを閉じても全く意味がありません。
どのようにすれば良いのでしょうか？