はてなブログでアドセンス広告を貼り始めたのですが、気になったことが一点あるので質問させてください。

はてなの設定やはてなダイアリー アフィリエイト設定にて設定できるアフィリエイトIDは、主に、はてなダイアリーで利用されます。(AmazonアソシエイトのIDはブックマークなどでも利用できるようです。)
この回答時点では、GoogleAdSenseのIDを、はてなブログのアフィリエイト用に利用することはできないようですので、任意の位置に表示用スクリプトを設置する必要があります。

AmazonアソシエイトID、楽天アフィリエイトIDについては、商品紹介機能で利用できます。

※はてなブログの記事内にアドセンス広告を自動的に設置するスクリプトを、有志の方が幾つか提供しています。